Strukturę organizacyjną określa Regulamin Organizacyjny.
Dolnośląską Służbą Dróg i Kolei we Wrocławiu kieruje Dyrektor przy pomocy:
- Kierownika Pionu Utrzymania,
- Kierownika Pionu Inwestycji,
- Kierownika Pionu Kolei,
- Głównego Księgowego,
- kierowników komórek organizacyjnych.
Dyrektor Dolnośląskiej Służby Dróg i Kolei we Wrocławiu odpowiada za całość działalności jednostki i reprezentuje ją na zewnątrz.